Probleme mit einem israelischen Einreisestempel hat man auf jeden Fall in Syrien, im Iran und im Libanon. Anders ausgedrückt, man kommt in diese Länder einfach nicht rein, falls man einen israelischen Einreisestempel oder einen jordanischen Ausreisestempel entsprechender Grenzübergänge hat.
Falls diese Länder nicht auf der Reiseroute stehen, ist es ziemlich egal ob man in Israel einreist oder nicht. Falls eines dieser Länder auf der Reiseroute steht, kann man auf dem Einwohnermeldeamt mit dieser Begründung einen zweiten Pass beantragen. Ansonsten habe ich auch schon mal in Reiseberichten gelesen, dass die israelischen Behörden ihren Stempel einfach auf ein Stück Papier setzten, wenn man nett fragt.