Hi,
ich gehe mal konkret auf die Fragen ein, die ich beantworten kann.
3) Welcher Ort? Kommt darauf an, was dich interessiert. Pana und San Pedro sind klassische Backpacker-Hubs, wie du es ähnlich von Asien kennen könntest. Viel Party, günstiges Kokain, große Auswahl an "westlichem" Essen. Pana hat den Uferblick auf die Vulkane, San Pedro gefiel mir besser. Dann gibt es am Westufer ein paar Dörfer, die sich in Richtung Yoga, Meditation, Esoterik spezialisiert haben. Wenn du es "authentischer" und ruhiger möchtest, ohne ganz in der Einöde zu landen, könntest du z.B. in San Juan, dem Nachbardorf des erwähnten San Pedro, bleiben. Es gibt dort ein Hostel, das von einer sehr netten Österreicherin und ihren Katzen gemanagt wird, 2-3 Restaurants für Locals, aber die Party ist nur 5 Tuk Tuk-Minuten (nach San Pedro) entfernt. Es gibt sehr gute Bootsverbindungen nach Pana (lohnt sich!) und es gibt direkte Chicken-Busse nach a) Guatemala City und b) nach Xela, was für Guatemala schon mal ein Wahnsinn ist.
4) Atitlan-Semuc: Entweder du buchst in einem der Backpacker-Hubs eine Kombi mit Shuttle und Bus, was viel kosten wird, oder du buchst nur das Ticket von Guate und erledigst den Zwischentransport mit Chicken Bus nach Guate + Taxi. Bisschen Spanisch wäre dafür nicht schlecht. Beides kein Problem, zweite Variante deutlich schneller und günstiger, wenn auch etwas abenteuerlicher. Wieso schneller? Der Shuttle wird wohl nicht direkt fahren, sondern in Pana und Antigua halten um Leute abzuwerfen und neue aufzunehmen. Dafür hast du mehr Beinfreiheit.
Ein paar Worte zu deiner Route, insb. dem mexikanischen Part: Valladolid ist ein toller Hub für 2 bis 3 wichtige Ruinen in der Umgebung. Beide Ruinen kannst du lockerst an einem Tag abhaken. Dann gibt es noch Cenoten (wassergefüllte Höhlen), die du besuchen kannst. Wenn es zeitlich knapp ist, geht das gut mit 2 Übernachtungen. Merida ist zwar eine coole Großstadt mit schönem Hauptplatz und tollem Markt, was du da machen möchtest, weiß ich aber nicht. Es gibt zwar auch hier Ruinen, die sind aber ohne (recht teure) Tour nur schwer erreichbar.