Hallo Hosche,
Prinzipiell geht die "Hurricane-Saison" bis Ende November, wobei es im November schon deutlich seltener zu Hurricanes kommt als noch zb im September. Ein Restrisiko bleibt also, glaub aber das Anfang November schon ok ist.
Yucatan bietet durchaus genug für drei Wochen, wobei da auch die Frage nach euren Interessen bleibt. Es gibt sehr viele Maya-Stätten, wobei man nach drei wohl schon genug haben kann. Dazu bietet Yucatan schöne Kolonialstädte, Cenotes, mit Holbox eine schöne Insel (mehr oder weniger) abseits der Massen. Meiner Meinung nach wird die Halbinsel umso interessanter, je weiter weg man von Cancún, Playa del carmen, etc. kommt.
Das Busnetz ist in Mexico sehr dicht und die Busse durchaus gut. Kommt also eher auf euren persönlichen Bedarf an. Mit dem Mietauto ist man deutlich flexibler, und kann so zb in drei Wochen auch schlecht erreichbare Pyramiden wie etwa Calakmul (mein Highlight) mitnehmen.
Last but not least, ich war vor einem Jahr drei Wochen in Mexico (von Mexico City bis nach Cancun) und habe meine Tipps auf meinem Blog (Link unter auf die Weltkugel klicken) zusammengefasst. Zu meinen Highlights zählten: Merida, Valladolid, die Cenotes rundherum, Holbox, Palenque, Calakmul.