Also wenn ihr Dschungel bzw. vielfältige Natur wollt, würde ich auf jeden Fall Ost-Malaysia (also den Teil auf Borneo)!!
Sabah und Sarawak sind beides wirklich toll und in 3 Wochen könntet ihr gut die Highlights machen:
Tauchen bei Sipadan (bisher mein TOP Taucherlebnis - auch Mabul, Kapalai)
Dschungel-River Safari am Kinabatangan Fluss (sieht man v.a. viele Affen, aber mit Glück auch Pygmy Elephants, Slow Loris, Gibbons etc. Jedenfalls viele schöne Vögel, Otter, Eulen,...ich fands super damals!! Man macht auch ein paar Walks, aber da sieht man eher Insekten und Kleinzeugs bzw. hatten wir da das riesen Glück, die Slow Loris zu sichten!
Mt Kinabalu besteigen
Mulu NP ein paar Höhlen anschauen oder auch noch einen Trek machen
Kuching und der Bako NP wo man schön wandern kann - auch Tiere, aber viel weniger als am Kinabatangan. Dafür sehr schöne Landschaft!
Mt Kinabalu, Sipadan und die Treks im Mulu NP müsstet ihr vorbuchen (zumindest ein paar Wochen oder 1-2 Monate), Kinabatangan geht etwas spontaner, Mulu NP Höhlen auch. Den Bako NP könnt ihr selbst organisiert machen, also keine wirkliche Vorausplanung/buchung nötig.
Weiß nicht, inwiefern ihr eher spontan reisen wolltet - das ist in Ostmalaysia für die Highlights halt eher schwierig, weil es nur eingeschränkte Plätze gibt.
An Kuala Lumpur geht auch mein Vote, im Vergleich zu Singapur! KL ist einfach toll, es gibt extrem viel zu sehen und sehr leckeres Essen (überhaupt in Malaysia mit einem tollen Mix und Einflüssen aus versch. asiatischen Regionen).
West-Malaysia ist auch schön, aber ein Taman Negara kann mit den NP in Borneo niemals mithalten und Tauchen bei den Perhentians ist wie Tauchen im Pool gegen Sipadan. Dafür kann man hier ganz spontan reisen, vorgebucht werden muss eigentlich nichts... und kommt wahrscheinlich auch günstiger, falls das eine Rolle spielt. Die ganzen Touren in Ost-Malaysia schlagen nämlich schon aufs Budget.
Ein Müll-Problem haben ja leider alle SOA-Länder...
Aber in den NP in Ost-Malaysia habe ich das bis auf rund um Mabul nicht extrem in Erinnerung.