Es dürfte kein Problem sein, von Seam Reap nach Phnom Penh über den Tonle Sap mit einem Boot zu fahren. Früher ging das wohl sogar nur so. Mittlerweile ist die Straße zwischen beiden Orten sehr gut ausgebaut, daher ist es billiger und schneller mit dem Bus zu fahren es gibt wohl aber immer noch die Möglichkeit, auch mit einem Boot als "Tour" über den See zu fahren.
Von PP (hier würde ich unbedingt 2-4 Tage fürs Sightseeing einplanen. PP ist super!) nach Vietnam (z.B. Chau Doc) ist es überhaupt gar kein Problem, wie Mighati auch schreibt, und diese Möglichkeit wird rege genutzt. Ich meine, im Mai 2011 in PP Angebote für 19 USD gesehen zu haben. Wir haben die Strecke andersherum zurückgelegt. Sehr nett.
Von Chau Doc wiederum gibt es Angebote nach Saigon, Can Tho usw. Can Tho ist sehr nett, um sich die vietnamesichen schwimmenden Märkte auf dem Mekong und den Nebenflüssen anzuschauen.
Diese kleinen Boote haben allerdings allesamt kein Klo an Board und können sitztechnisch eine Herausforderung darstellen (Holzplanken mit niedrigen Rückenlehnen). Ich würde das Programm also Stück für Stück durchziehen, damit man nicht zu viele Stunden am Stück auf den kleinen Booten verbringt. Ein Kissen ist auch nicht verkehrt, wenn man Platz dafür im Gepäck hat.
Viel Spaß!