Hallo Andreas,
diese Grenzüberquerung haben wir 2003 benutzt, ist also ein paar Jahre her. Damals gab es schon mehrere Anbieter, die die Strecke Palenque-Flores als Tour gemacht haben, und zwar wahlweise als 1-, 2- oder 3-Tagestour (Preisvergleich lohnt). Wir haben uns für die 2-Tages-Variante entschieden, bei der Ausflüge nach Yaxchilan (excellent) und Bonampak (eher langweilig) dabei waren.
Das Sicherheitsempfinden war eigentlich recht gut, besonders auf der mexikanischen Seite. Dass in der Gegend Drogen geschmuggelt werden, hat man hauptsächlich an dem sehr gelangweilten mexikanischen Kontrollposten gesehen, der sich irgendwie auch nicht vorstellen konnte, dass die Schmuggler den offiziellen Grenzübergang benutzen.
Auf der guatemaltekischen Seite wurden dann alle (egal bei welchem Anbieter sie gebucht hatten) mit einem Bus der Firma San Juan Travel aus Santa Elena weitertransportiert. San Juan Travel ist eine Abzockergesellschaft; den Bus kann man nehmen, aber lass Dir sonst keine Dienstleistungen von denen aufschwatzen.
Ich denke, dass man diese Strecke auch gut auf eigene Faust machen kann. Übernachten würde ich dann an der Grenze, auf der mexikanischen Seite (Frontera Echeverria), es fahren von Palenque aus auch öffentliche Colectivos hin. In Echeverria gibt es Infrastruktur, und die Boote nach Yaxchilan fahren auch von dort ab.
LG, Karoshi