Ich sitze gerade in Aquas Calientes im Internetcafe und bin seit gut vier Wochen in Peru unterwegs, mit nem kleinen Abstecher nach Bolivien.
Ich hatte die gleichen Befürchtungen wie Du, weil auch im Lonely Planet auf jeder Seite davor gewarnt wird, daß man auf jeden Fall überfallen, ausgeraubt und schlimmeres wird.
Meine persönliche Erfahrung (als Mann): vergiß es. Bisher habe ich mich nicht eine Minute „unsicher“ gefühlt. Zumindest nicht weniger als in Ägypten, Indien oder Marokko.
Die normalen Vorsichtsregeln (gesunder Menschenverstand) gelten natürlich, aber Rucksack im Zimmer lassen, ist kein Problem.
In Puno hatte ich sogar meinen Laptop offen im Zimmer stehen, weil ich das WLAN genutzt habe und was runtergeladen hab, und als ich wiederkam war das Bett gemacht und den Laptop hab ich immernoch.
Hör auf Dein Gefühl, dann merkst Du, ob Du einem Hotel trauen kannst oder nicht.
Du kannst saubere Hotels für 10-20 Soles (außerhalb Limas) kriegen, und da jetzt Nebensaison ist, scheue Dich nicht, nach einem billigeren Preis zu fragen. (Versuch mindestens die Hälfte zu sparen.)
Für Taxifahrten hab ich noch kein Gefühl, versuchs aber auch erstmal mit der Hälfte von dem, was sie verlangen und dann siehst du ja, ob sie dich auslachen, oder drauf eingehen.
Bustransport ist in beiden Städten gut, solltest halt nicht die teuren Touristenbusse nehmen, sondern die für Einheimische. Da heißt's zwar auch, die seinen nicht sicher, aber ich glaub das ist nur ne Masche, um die teuren Tickets zu verkaufen. Mir ist nix passiert bisher und auch nix geklaut worden.
Wenn Du konkrete Hotelvorschläge oder ähnliches willst, schreib mir ne Private Nachricht.
Buen viaje!