Weil die Distanz nicht das einzige Kriterium für das Anbieten einer Flugverbindung ist. Die Nachfrage ist entscheidender. Deshalb wird der internationale Flugverkehr über Drehkreuze abgewickelt, um die für die langen Distanzen grossen Flieger möglichst füllen zu können.
Einen direkten Flug gibt es von Brasilien (Sao Paulo) nach Johannesburg von South African Airways. Direktverbindungen können preislich allerdings selten mit Umsteigeverbindungen mithalten. Aber die Details findest Du sicherlich auch selber raus, wenn nicht, dürfte es mit dem Vorhaben einer solch grossen Reise sowieso etwas kompliziert werden.