Bei den Meilen macht es keinen Unterschied, ob du über Expedia buchst oder direkt auf der Website. Entscheidend ist einzig die Buchungsklasse und die ist beim gleichen Ticket genau gleich, egal wo du das buchst.
Ich hatte noch nie Probleme mit dem Ticket. Ich frage mich jedoch, ob es wirklich immer besser ist, direkt bei der Airline zu buchen. Die Reisebüros haben ja in der Regel eine Niederlassung in Deutschland oder wo auch immer du wohnst. Bei der Airline ist das nicht unbedingt der Fall.
Wenn es zu einem Rechtsstreit käme, dürfte es aber sehr viel einfacher sein, wenn du nach deutschem Recht prozessieren kannst. Ich stelle es mir ungleich schwerer vor, einen Anwalt in Chile oder sonstwo zu finden, beauftragen und überwachen. Hier habe ich keine Erfahrung, daher ist das eher ein Denkansatz gedacht.
Wenn Expedia günstiger ist, würde ich es aber auf alle Fälle dort buchen.