Ich würde empfehlen, über Jakarta (CGK) rein- und über Bali (DPS) raus zu fliegen. Allerdings würde ich von Jakarta gleich weiter nach Yogyakarta (JOG) fliegen. Air Asia fliegt CGK-JOG für wenig Geld. In der Nähe des Flughafens CGK gibt es diverse Hotels (Empfehlung: Orchardz). Falls eine Übernachtung vor dem Anschlussflug nötig ist, sparst Du Dir so die stressige und lange Fahrt in die Stadt.
Zwischen Bali und Komodo würde ich fliegen (beide Strecken). Manche empfehlen die (oder warnen vor der) Bootstour von den Gilis nach Komodo. Dazu gibt's auch schon viele Meinungen hier im Forum. Muss jeder selbst wissen.
Zur Zeitplanung: Je nach Reisetempo kannst Du die wichtigsten Highlights auf Java in 7-10 Tagen abhaken, wenn Du nur das sehen willst, was die meisten machen. Für den Komodo-Abstecher sind mindestens 2 Reisetage ab/bis Bali sowie die Tauchtage zu rechnen, plus ggf. die Suche nach einem Dive Shop (kannst Du auch im Vorfeld per Mail klären) und der Sicherheitsabstand (mindestens 24h) zwischen letztem Tauchgang und Flug. Es spart Zeit, wenn man mit einem frühen Flug in Komodo ankommt (dann kann man am selben Tag noch das Tauchen organisieren) und mit einem späten Flug wieder verschwindet. (Der letzte Dive ist üblicherweise am frühen Nachmittag, man kann dann also gleich am nächsten Tag zurück nach Bali fliegen.) Den Rest der Zeit kannst Du gut auf Bali oder auf einer der kleineren Inseln drumherum verbrauchen.