Bei den Zwischenstopps musst du auf jeden Fall den Pass vorzeigen, mit dem du auch eingecheckt hast bzw. dein Ticket gebucht hast - sonst kannst du gewaltige Probleme bekommen! Der Pass wird in der Regel beim Einchecken gescannt, die Passnummer also registriert - wenn du dann beim Umsteigen einen anderen Pass vorzeigst, kann dich das System nicht finden und du bekommst massive Probleme!
Und was n_rtw sagt, kann ich so nicht bestätigen - du musst praktisch immer am Gate, also direkt bevor du in den Flieger steigst, nochmal den Pass vorzeigen! Oft gibt es heutzutage auch im Transitbereich nochmal Sicherheits- und Pass-Kontrollen, zumindest kenne ich das so von vielen arabischen Flughäfen.
Anders ist es bei der Einreise in Thailand - da würde ich einfach den Thai-Pass vorzeigen. Das hat den Vorteil, dass du bei der Immigration in die kürzere Schlange für die ASEAN Countries bzw. die Thais kannst und du brauchst dir keine Gedanken um die Aufenthaltsgenehmigung bzw. ein Visum machen. Bei der Ausreise musst du natürlich den selben Pass vorzeigen wie bei der Einreise.
Da die Immigration Behörden in keinster Weise was mit den Airlines zu tun haben und da auch kein Datenaustausch stattfindet, kannst du bei der Ausreise mit dem Pass einchecken, auf den du das Ticket gebucht hast und bei der Immigration wieder den Thai Pass vorzeigen. Und bei der Einreise im Flughafen in Deutschland wieder den deutschen Pass .
Generell verstehe ich allerdings nicht, wieso man sagt, bei Aufenthalten von mehr als 30 tagen wäre der deutsche Pass in Thailand besser - aus meiner Sicht ist es genau andersrum, weil du nämlich als Thai kein Visum bzw. keine Aufenthaltsverlängerung brauchst, wenn du länger als 30 Tage bleiben willst.