Hi Olivia,
Quito ist mit Sicherheit die schönere Stadt, aber das Kostenargument ist natürlich auch nicht von der Hand zu weisen. Zumal die Flüge von Guayaquil raus auf die Inseln auch noch mal etwas billiger sind. Ein weiteres Argument für Guayaquil: Du kommst von Meereshöhe, d.h. wenn es blöd läuft, hast Du von Quito gar nichts, weil Du Dich erst mal an die 3000m ü.N. gewöhnen musst.
Wenn Du Zeit hast (sagen wir mal ab 5 Tage) und Dir die Extra-Kosten leisten kannst, wäre Quito aber eine gute Wahl. Guayaquil dagegen würde ich nur zum Umsteigen nutzen und ggf. lieber die Zeit auf Galapagos verlängern.
LG, Karoshi