Nein, es gibt leider keine Fährverbindungen zwischen West- und Ostmalaysia. Wie Stecki schon schrieb, sind die Distanzen auch ganz schön groß, besonders von den dichter besiedelten Zentren in Westmalaysia bzw. wenn es nicht nur nach Kuching gehen soll. Inlandsflüge ab KL sind preiswert und häufig, es gibt auch einige von anderen Airports (Penang, Johor Bahru, Kota Bahru). Auf Borneo selbst kann man dann wieder mit Fähren entlang der Nordküste fahren (oft die bessere Wahl als der Bus), die fallen bei schlechtem Wetter aber schon mal aus.
Wenn Du zeitlich die Möglichkeit hast, würde sich ein Abstecher durchaus lohnen. Ich würde mich dann aber auf den malaysischen Teil beschränken, und hier entweder auf Sarawak oder Sabah. Beides zusammen ist in 4 Wochen ganz schön knapp (besonders wenn Du auch mal ins Hinterland willst wie zum Mulu NP oder in die Kelabit Highlands), geht aber auch.
Die Alternative Kalimantan (also der indonesische Teil) ist im Vergleich schwierig zu bereisen, besonders wegen der schlecht ausgebauten Infrastruktur und der Sprachbarriere (kaum jemand kann Englisch).