Hallo Thomas,
die Flüge gehen immer über Guayaquil, auch die Direktflüge Quito-Gapapagos stoppen dort.
Ich würde es wohl nicht unbedingt im Rahmen des RTW-Tickets buchen, denn die LAN-Flüge sind gerne mal langfristig voll, so dass Du nur schlecht umbuchen kannst, wenn sich Deine Pläne ändern. Ein separates Ticket mit TAME ist flexibler und kostet in der Nebensaison (Mai) US$301 return. Der Rückflug kann vor Ort umgebucht werden.
Die "Pakete" in Quito sind nicht zwingend mit Flug, tatsächlich musst Du bei den günstigeren den Flug in der Regel separat dazu buchen. Im Mai würde ich deshalb nur den Flug nehmen und direkt auf den Inseln nach einem Schiff mit freien Plätzen suchen. Das geht erfahrungsgemäß recht problemlos um diese Zeit und spart noch mal einen Tagessatz gegenüber der Buchung in Quito. Ab mitte Juni ist aber Hochsaison, dann wird es schwieriger.
LG, Karoshi