Auf den Monsun kann man sich leider nicht verlassen. Im September kann es auch in Nepal noch bewölkt und regnerisch sein. Was in der Ebene die Überschwemmungen sind, sind in den Bergen die Erdrutsche (=Straßenunterbrechungen). Die erste hohen Bergketten in Nepal fungieren oft als Wetterscheide, d.h. wenn es in Kathmandu regnet, kann es im Langtang-Tal oder auf dem Annapurna Circuit sonnig sein.
Generell würde ich aber auch erst Nepal und dann Indien empfehlen, und zwar nicht nur wegen des Wetters, sondern auch wegen des geringeren Kulturschocks.
LG, Karoshi