Ich würde mich nicht beunruhigen lassen und die Route so durchziehen.
Grund 1: Bolivien ist IMMER kritisch. Ich war 2012 dort, und aus dem Nichts heraus haben die Minenarbeiter protestiert und 1 Woche lang kam niemand aus La Paz raus. Grund 2: Bolivien ist eines der tollsten Länder, die ich jemals besucht habe
Also einfach 1 Woche Puffer einplanen und dann passt das schon!
In Santiago würde ich einfach keine Zeit einplanen. Ich fand die Stadt potthässlich, nach Sao Paulo so das Hässlichste, was ich in SA gesehen habe. Lieber in Valparaiso übernachten und wenn Flugzeiten-technisch möglich von dort aus direkt zum Flughafen zu deinem Flug nach Indonesien.
Route dann je nachdem, wenn in Bolivien alles 1A läuft: Südperu - Titicaca See über die Grenze - La Paz - Bolivien Runde was auch immer du wolltest. Bei genug Zeit die Uyuni Tour von Tupiza nach Uyuni machen, bei wenig Zeit (wenn ihr irgendwo etwas festgesteckt seid) von Uyuni nach San Pedro de Atacama. Tupiza-Uyuni fand ich halt 100mal schöner (hab beide gemacht mit ein paar Jahren dazwischen), viel weniger Touris und tollere Spots zusätzlich. Dann von Uyuni nach San Pedro de Atacama per Bus nach der Tour.
Dann auch wieder je nachdem, wie das Zeitbudget ist von San Pedro direkt nach Santiago/Valparaiso, oder aber nochmal über die Grenze nach Nord-Argentinien und die Region um Salta erkunden. Das wäre auch sowieso noch eine Alternative, wenn du Santiago wirklich komplett skippen willst: von Salta dann nach Buenos Aires und von dort Abflug. Hab ich 2012 so gemacht als Route.
Denke nicht, dass in San Pedro de Atacama, dem kleinen Touri-Dörfchen, Aufstände entstehen werden
Von daher seh ich keinen Grund, das auszulassen. Und bei Bolivien kannst du dir sowieso nie sicher sein, da passieren gerne und immer wieder mal Straßenblockaden. In Südperu hatte ich das übrigens damals auch mal. Diese Länder sind einfach anders als Europa (wobei, in Paris gabs ja auch schon Proteste mit brennenden Autos etc). Darauf einstellen und etwas Flexibilität einplanen würde ich sagen.
Was ganz anderes jetzt aber mal: hast du in Peru noch akzeptables Wetter? Wie ist die Prognose? Und für Bolivien? Wir waren letztes Jahr im Oktober in Bolivien und hatten schon sehr viel Regen leider. In Nordargentinien und Nordchile wars gleich viel besser, und je weiter gen Süden nach Patagonien war dann sowieso ideale Reisezeit. Auch in Indonesien ist im Januar ja Regenzeit!?
Hat jetzt nichts mit deiner Urprungsfrage zu tun, aber ich würde halt vermeiden, mir jetzt DIE ideale Route zu planen und dann stehst du überall nur im Regen.