Von Jakarta nach Yogya per Zug mit evtl noch ein paar Stops, oder per Inlandflug.
Borobodur und Prambanan liegen im Umkreis von Yogya und können per Bus, Scooter oder Tour erreicht werden.
Von Yogya zum Bromo im Minibus oder ganz als Tour (würde ich nicht machen, da man dann mA nach nicht genug Zeit für die Vulkane hat). Dann runter und Ijen Plateau separat als Tour buchen.
Zum Dieng Plateau kommt man auch von Yogya als Tour.
Dann per Nachtbus rüber nach Bali. Dort Scooter ausleihen, Busse nützen oder Touren machen.
Alles super easy in Asien, man kann jeden Tag spontan entscheiden. Es geht überall hin irgendwie und Touren kosten im Normalfall nicht viel.
Nach Komodo kommt man nur per Boot, da es sich ja um eine Insel handelt. Du kannst aber natürlich auch von Flores aus eine Tagestour machen, wenn du nicht an der langen Tour von Lombok nach Flores interessiert bist. Wir fanden die Tour cool - ist Einstellungs- und Erwartungssache.
Lombok ist aber auch cool mit dem Rinjani Vulkan. Und für schöne Strände die Gili Islands zwischen Bali und Lombok.
Alles - also Java, Bali, Lombok, Boot Tour, Komodo und Flores - schaffst du eh nicht in 2 Wochen. Also recherchiere mal, was dich am meisten interessiert und pick dir das raus
Gebe bei Bedarf dann gerne noch mehr Tipps - aber ich denke die Vorauswahl solltest du mal anhand Blogs etc treffen