Prinzipiell gibt es 2 Möglichkeiten:
1) Auf die Hauptinsel fliegen, dort in ein Hotel/Hostel und Tagesausflüge buchen.
2) Mit auf ein Boot. Der Vorteil ist, dass man auch entlegenere Inseln ansteuert, und man stehts unterwegs ist, Schnorcheln, Schwimmen, Ausflug auf eine Insel. Über Nacht fährt man dann hin zur nächsten Insel. Das kann man entweder vorher buchen, oder in QUito auf ein Last-Minute Angebot hoffen. Bei engem Zeitplan vielleicht zu unsicher. Last Minute Angebote gibt es auch auf der einen oder anderen Website. Ich war damals auf einem Boot namens Guantanamera.