Hmm leider nicht so richtig.
Wir sind ein paar Mal mit dem Zug gefahren, aber nur kürzere Strecken: Delhi - Agra und Agra - Jaipur haben wir beides in Delhi direkt im Bahnhof (Tourist-Counter) gekauft. Da war für den nächsten Tag bzw. für in 3 Tagen immer noch etwas verfügbar, auch wenn wir für Delhi - Agra AC 3 Tier buchen mussten, was doch deutlich teurer als Sleeper ist und fast gleich vom Standard...
In Kerala dann nur noch Varkala - Trivandrum, wo es sowieso keine Sitzplätze gibt (ausser man hat Glück) und die Fahrt ja nur 1-2h dauert.
Bekommen tut man aber meistens noch was, schon allein wegen der Tatkal Quote! Google mal danach! Das sind Plätze, die erst kurz vorher zum Verkauf freigegeben werden.
Mit den Apps habe ich mich aufgrund unserer kurzen Aufenthaltsdauer nicht auseinandergesetzt. Meine aber, dass es hier im Forum mal eine ausführliche Erklären zu Cleartrip gab. Das was du beschreibst, klingt für mich aber nach momentanem Bug und nicht als ob du irgendwas falsch machen würdest