Hallo Jana,
ab San Pedro de Atacama ist die Route auf jeden Fall in 4 Wochen machbar, ihr könnt euch eben nicht allzu lange an den einzelnen Orten aufhalten
Zwei bis max. drei Tage in San Pedro reicht meiner Meinung nach, ist ziemlich touristisch, aber auf jeden Fall sehenswert. Wenn ihr allerdings noch mehr Ziele ich Chile verbringen wollt wird's mit der Zeit dann schon knapp.
Am besten vor Antritt der Uyuni-Tour online die Weiterfahrt von Uyuni nach La Paz mit dem Nachtbus buchen (Todo Tourismo), so spart ihr euch die Übernachtung im nicht sehr sehenswerten Ort Uyuni.
La Paz ist durchaus für etwas längere Zeit gut, da die Stadt auch ein super Ausgangspunkt ist um den Norden Boliviens kennenzulernen.
Copacabana und die Isla del Sol kann man in die Länge ziehen, muss man aber nicht. Genauso wie Puno und die Schilfinseln auf peruanischer Seite.
Ich würde stattdessen lieber noch Arequipa und den Colka-Canyon mit einbauen, fand ich wesentlich beeindruckender als den Titicacasee.
Für Cusco, Machu Picchu und Umgebung sollte man ruhig mal ca. eine Woche planen, lässt sich aber auch locker noch mehr Zeit in der Region verbringen.
Naja, machbar ist es auf jeden Fall in vier Wochen. Würde die Routen vorher mal etwas durchplanen um unterwegs nicht zu viel Zeit zu verlieren. Die beiden längsten Busfahrten (Uyuni-La Paz und Puno bzw. Arequipa - Cusco) bieten sich z.B. beide als Nachtbus an.
Viel Spass bei der Planung und in Südamerika...