1. Die Strasse nach El Nido ist asphaltiert und die Strecke ist nicht besonders schwierig (oder was hast du damit gemeint?). Denke nicht, dass es da wegen Regen gleich zu grösseren Problemen kommen wird. Wenn du beispielsweise Bohol und Cebu erkunden möchtest und nicht immer im gleichen Ort bleibst, gibt es da genauso Strassenabschnitte, die ggf. für ein paar Stunden blockiert sein können.
Stellt sich mehr die Frage, wie du dann wieder aus El Nido wegkommst. Da musst du entweder wieder zurück nach P.P. und von dort fliegen, mit einem schaukligen und nicht 100% sicheren Boot rüber nach Coron (hierzu gehen die Meinungen sehr weit auseinander) oder das Flugzeug der privaten Airline einiger Luxushotels nach Manila nehmen. Dieser Flug ist nicht ganz günstig im Vergleich zu anderen Inlandflügen, die aktuellen Preise findest du sicher irgendwie heraus (höchstwahrscheinlich aber nicht mit Skyscanner & Co). Ich hab damals den "privaten" Flug genommen, war nach abwägen von Zeit und Geld die einfachste Lösung. Klasse Service, beidseitig eine kleine Lounge mit Drinks und Häppchen, sehr strenge Sicherheitskontrolle. Die scheinen ihren Jobs sehr ernst zu nehmen.
Geht dein Flug nach Malaysia von Manila oder Cebu?
2. Ist das was neues bzw. was ist die Begründung des Auswärtigen Amtes? Ich hätte diese Hinweise nicht mal gelesen, aber hier muss jeder für sich selbst eine Lösung finden. El Nido bzw. die Landschaften und Inselwelt darum gehört schon längstens zu den grössten Highlights in den Philippinen, entsprechend tummeln sich hier jede Menge Touristen (sowohl Backpacker als auch gut betuchte).
3. Es ist jetzt nicht massiv teurer als andernorts. Die Inselhopping-Touren sind aufgrund des grossen Angebotes recht preiswert. Die Fahrt hoch mit dem Minivan ist absolut bezahlbar. Essen geht überall günstig auf den Philippinen, nur haben sich in El Nido halt auch ein paar Restaurants angesiedelt, die ausschliesslich für Touris gedacht sind und die Preise sehr hoch ansetzen. Da kann man reingehen, muss aber nicht. Wenn du nicht gleich am Wasser oder mit super Aussicht speisen musst, kriegst du definitiv auch zu normalen Preisen was zu beissen.
Die Unterkünfte mögen mehr Kosten als andernorts, gerade für den gebotenen Standard (Strom nicht immer verfügbar, keine heisse Dusche, die man aber auch nicht wirklich braucht). Aber so ist das nun mal meistens, wenn es wirklich was zu sehen gibt. Du wirst auch gleich sehen, dass die Bewertungsergebnisse der meisten Hotels und Gästehäuser recht bescheiden sind. Das liegt wie bereits erwähnt daran, dass es eben nicht immer Strom gibt, entsprechend auch selten stets verfügbare Fans und AC usw. Die meisten Hotelbesitzer gehen davon aus, dass jeder nur einmal im Leben hierher kommt, da reisst sich selten einer ein Bein aus. Kennt man ja auch von anderen Orten. Dennoch insgesamt kein Grund, gleich nicht hinzufahren.
Die Strände etwas ausserhalb von El Nido sind sehr schön und z.B. mit dem Roller zu erreichen. Das gibt sehr günstige Ausflugstage und in den umliegenden, kleinen Fischerdörfer bist du sehr schnell der einzige Tourist weit und breit.
Ist El Nido ein must see? Da könnte man jetzt lange diskutieren, ich mach's kurz und sage: Ja, für mich klar. Wobei ich damit nicht das Dorf meine (ist nicht besonders Schmuck), sondern vor allem die Inswelwelt, Landschaft und Strände drumrum. Auch Palawan ganz allgemein und die Streckenabschnitte zwischen den Orten fand ich echt toll.
Insgesamt sind die drei von dir erwähnten Zweifel / Argumente nicht sehr stichhaltig. Guck dir mal ein paar Bilder im Internet an, und wenn du Lust hast, fahre hin (überlege dir aber wie erwähnt, wie du da wieder wegkommst). Wo du schon auf Palawan bist, macht es m.E. schon Sinn.
Ich fand El Nido besser als Cebu und Bohol. Bohol ist landschaftlich schon auch schön, viel grün mit saftigen Reisfeldern und schönen Landschaften und den Chocolate Hills, aber keine besonderen Strände.