Hallo,
mein Tipp (bin selber w) vorallem wenn du jetzt losziehen willst ist ein anderes Archipel: die Philippinen.
Nicht dass ich Indonesien nicht mag (ich mag besonders Sumutra), aber wenn ich mal deine Ideen, Inselhopping, Wassersport und 4-6 Wochen Zeit sehe, dann sind die Philippinen super genau dafür.
Wassersport ist DAS Ding überhaupt: Strände wie in der Südsee, Tauchen, Tauchen, Tauchen, Schnorcheln, Surfen.
Vor allem Inselhüpfen ist dort einfacher als in Indonesien, billige Inlandsflüge, halbswegs zuverlässige Fährverbindungen, Englisch wird überall verstanden und als Frau würde ich da jederzeit alleine hinfahren. Letzteres kann ich für Indonesien nicht zwingend überall behaupten, nicht weil es wirklich gefährlich wäre, aber du würdest viel Zeit mit dem Erfinden von Ehemännern verbringen... In Manila würde ich allerdings eher nicht so viel Zeit verbringen, nicht jede Ecke ist da angenehm.
Abseits der wenigen touristischen Hotspots gibt es nur wenig westliche Touristen. Preisniveau liegt aber über dem von Indonesien.
In 6 Wochen kannst du zum Beispiel eine Runde Inselhüpfen auf den Visayas (Cebu + Inseln um Cebu, Bohol, Siquijor, Negros und Apo Island) oder wenn es doch Boracay sein soll noch Panay dazu. Danach eine kleine Runde durch Palawan. Das boomt gerade (zu recht) und wird in paar Jahren wohl völlig anders aussehen als jetzt.
Inspiration auf meinem Blog (War im Januar erst vor Ort)
https://dusducksontour.wordpress.com/category/asien/philippinen/oder hier:
http://www.beyondcebu.com/http://www.justonewayticket.com/2012/12/05/why-you-should-travel-philippines/