Also ich glaube, dass Suchmaschinen teilweise Flugverbindungen bei den jeweiligen Anbietern periodisch abfragen und das Ergebnis in ihrer eigenen Datenbank zwischenspeichern. Dadurch kann deine Suche nach Verbindungen sehr schnell beantwortet werden.
Als Beispiel: skyscanner fragt alle 30 Minuten bei der Lufthansa die Strecke Frankfurt<->Tokyo ab. Da sind dann um 14.00 Uhr noch 30 Plätze für Flug 0815 für 500€ frei. Das wird in der Datenbank von Skyscanner gespeichert. Um 14.20 bucht dann jemand 15 Plätze für den Flug und der Preis geht um 50€ nach oben (Angebot/Nachfrage). Er kostet also jetzt wenn du direkt bei der Lufthansa schaust 550€. Da Sykscanner aber erst um 14.30 den Preis neu abfragt ist der Flug zwischen 14.20 und 14.30 hier noch 500€. Diesen Preis bekommst du in der Skyscanner Übersicht angezeigt. Erst wenn du auf "Flug anzeigen" klickst prüft Skyscanner nochmal bei der Lufthansa nach, zeigt dir den aktuellen Preis von 550€ an und du denkst dir "Hätt ich doch eher gebucht".
In deinem Fall ist der Flug nicht teurer, sondern gar nicht mehr Verfügbar, weil inzwischen alle Plätze weg sind.
Falls das jetzt kompletter Blödsinn ist kann mich gerne jemand korrigieren. Aber ich bin mir ziemlich sicher, dass es so abläuft.