In Indonesien kommst Du gut mit Schiffen rum, wenn Du rechtzeitig planst. Die Pelni-Schiffe fahren praktisch überall hin, wenn auch manchmal nur alle 2-3 Wochen. Für kürzere Strecken, wie z.B. alles auf der Route Sumatra-Java-Bali-Lombok-Sumbawa-Flores, wirst Du regelmäßige Fährverbindungen haben, von mehrmals täglich bis zu alle 30 Minuten.
Auch auf den Philippinen fahren sehr viele Fähren. Auch hier sind kurze Strecken einfacher, lange erfordern etwas Planung/Recherche. Nur von/nach Palawan ist es etwas komplizierter.
Zwischen West- und Ostmalaysia fahren keine Fähren => Flug.
Schwierig wird es bei internationalen Verbindungen. Nach Australien wirst Du auf jeden Fall fliegen müssen, dafür gibt es gute Möglichkeiten zwischen Indonesien und Malaysia (Medan-Penang) bzw. Singapur (von Batam und -glaube ich- Bukit Raya). Außerdem weiß ich von einer Fährverbindung zwischen Borneo (Sandakan, Malaysia) und den Philippinen (Zamboanga, Mindanao).
Alles ohne Anspruch auf Vollständigkeit.