Der Unterschied zwischen beiden Varianten besteht ja eigentlich nur in "Indonesien -> Malaysien" vs. "Philippinnen/Taiwan -> Japan". Nachdem die Optionen nicht sehr weit voneinander entfernt, sind würde ich dies wohl offen lassen. Wenn du die interkontinentalen Flüge rechtzeitig buchen willst, würde ich dies evtl. ab/bis BKK/KUL/SIN machen, und dann die Anschlussflüge kurzfristig buchen.
Auf den Philippinen war ich noch nicht, aber im wesentlichen kannst du dir überlegen, ob du eher moderne oder weniger moderne Länder willst. Taipeh und Taiwan ist sicherlich anders als z.B. Tokyo, aber ich denke, dass wenn du Japan besuchst, du nicht unbedingt zusätzlich Taiwan brauchst, sondern es eher mit Indonesien oder den Philippinen kombinieren solltest. Am interessantesten und besten fände ich persönlich Indonesien + Japan bzw. jeweils Teile davon.