Ich kann auch nur spekulieren, dass sie mit der Kennzeichnung als "Duplikat" einfach ausdrücken wollten, dass die Impfungen nachträglich eingetragen wurden. Ich würde so etwas, wenn es mein Impfpass wäre, auch irgendwie komisch finden, auch wenn es zunächst mal keine weiteren Auswirkungen haben dürfte. Interessant wird es aber spätestens dann, wenn noch weitere Impfungen dazu kommen, wie z.B. die schon erwähnte Gelbfieber-Impfung und ggf. eine oder mehrere Corona-Impfungen. Da würde ich persönlich nicht wollen, dass sie in ein "Duplikat" eingetragen werden, einfach schon um möglichen Irritationen aus dem Weg zu gehen.
Vor ein paar Jahren habe ich auch mal einen neuen Impfpass bekommen, weil der alte ziemlich mitgenommen aussah und auch nicht mehr viel Platz drin war. Das ist praktischerweise zusammengefallen mit der Auffrischung einer ganzen Reihe von Impfungen, u. a. auch der Standard-Vierfachimpfung gegen Tetanus/Diphterie/Keuchhusten/Polio, so dass die auch schon im neuen Impfpass drin ist. Seitdem habe ich an den alten Impfpass keinen Gedanken mehr verschwendet, auch wenn der noch irgendwo rum liegt.
Ich würde an Deiner Stelle das "Duplikat" nur zu Dokumentationszwecken aufbewahren und mir für Reiseimpfungen bzw. zukünftige Schutzimpfungen vom aktuellen Hausarzt einen frischen impfpass geben lassen.