Wenn du 14 Monate gesamtzeit hast, was spricht gegen beides?
Welche Länder hast du sonst noch auf der Route?
3 Wochen finde ich relativ lange für Panama. Das hängt aber von deinem Tempo und Vorhaben ab. Ansonsten kannst du in beiden Ländern viel erleben. Kriminalitäts-technisch würde ich beide auf einem Level sehen, wenn man auf der Backpackerroute unterwegs ist. Also öffentlich von Touri-Ort zu Touri-Ort.
Ein Erlebnisvorteil ist das Verbindung zwischen Bootstrip, San Blas-Traumstrände und dem Weg nach Kolumbien, liegt ja auf der Strecke. Aber wie gesagt, es gibt auch schöne Ecken in Mexiko. Der Flug nach Kolumbien ist (keine Ahnung) billiger als die Bootsfahrt, allerdings nicht so schön und erlebnisreich. Aber Mexiko bieten viel mehr unterschiedliches, besseres Essen und Kultur.
Ich bin für beide Länder.