Ich hab den Lonely Planet für Borneo zu Hause, denn die Insel steht auch ganz oben auf unserer Liste! Unabhängiges Reisen scheint dort sehr einfach zu sein. Hab den Reiseführer jetzt grad nicht da, aber ich meine, man kann auch den Berg Kinabalu ohne Guide besteigen.
Im Mulu Nationalpark muss man sich aber wohl einen Nationalpark Guide nehmen, um zu den Pinnacles zu kommen und auch in diverse Höhlen dort kann man nur mit Guide. Ist aber relativ günstig und kann direkt vor Ort im Nationalpark organisiert werden.
PS: Ich zitiere hier nur den Reiseführer, war noch nicht da. Vielleicht hat noch jemand Infos aus erster Hand?