Was für dich die Dinge sind, die du unbedingt sehen musst, musst du wohl selbst entscheiden und kommt auch auf deine Wünsche und dein Budget an. Außer Panama, war ich noch nicht in der Gegend, plane aber selbst gerade drei Monate in Nicaragua, Costa Rica und Panama. Das Folgende ist also (fast) alles Reiseführerweisheit und aus Berichten von Freunden, die da waren. :-)
Wenn du Berge/Vulkane magst, würde ich von San Jose aus eine Tour Richtung Nicaragua machen (mit Bootstour übern San Juan) und von Managua aus zurückfliegen. Wenn es dich eher zum schnorcheln/tauchen zieht, würde ich Richtung Bocas del Toro oder San Blas Archipel (Gebiet der Kuna Yala, ich fand es schön da). Wenn du eine Gelegenheit zum Mitsegeln hast ist die Karibikseite von Panama definitiv klasse. Ich war da selbst zwei Wochen mitsegeln. Panama City fand ich nicht so schön - viele Hochhäuser und die bauen da wie die Irren. Porto Belo ist definitiv ein paar Tage wert. Zum Surfen fährt man in Costa Rica wohl besser an die Pazifikseite.
Nicaragua ist günstiger als Panama und Costa Rica - wenn du also besonders aufs Geld achten musst, würde ich eher Richtung Norden. Dafür ist sind CR und Panama eher sicherer als Nicaragua. Als Reiseführer habe ich den "Footprint Costa Rica, Nicaragua & Panama". Bei Amazon.com kannst du da im Inhalt auch die empfohlenen Reiserouten online lesen (look inside) Vielleicht hilft dir das ja schon, um dir diverse Dinge im Internet zu ersuchen.
Grüße Steffen