Hallo,
ich habe selbst beide Routen bereist, einmal bis Istanbul (2009), ein andermal bis Thessaloniki (2010).
Nimm auf jeden Fall den Weg über Serbien/Kosovo und vor allem Bosnien/Herzegowina solltest Du nicht auslassen.
Die Menschen in Serbien/Kosovo sind sehr gastfreundlich und angenehm überrascht über jeden Touristen, der nach dem ganzen Kriegswirren in den 90ern heute (wieder) kommt. Dasselbe gilt (erst recht) für Kosovo. Nicht nur wegen der spannenden Geschichte, sondern auch wegen der faszinierenden Natur und der besonderen Herzlichkeit der Bosnier solltest Du unbedingt einen "Abstecher" zumindest nach Sarajevo unternehmen.
Rumänien dagegen ist weniger abwechslungsreich, teils sehr gewöhnungsbedürftig (Hygiene, Infrastruktur, Sicherheit).
Von den Preisen würde ich die Entscheidung nicht abhängig machen, da ähnlich günstig.
Was Sicherheit angeht, ist Serbien und Bosnien meiner Erfahrung nach wesentlich sicherer als Rumänien (und Bulgarien).
Melde Dich einfach, solltest Du weitere Fragen haben, ich kenne den Balkan ziemlich gut.
Viele Grüße