Also ich fand Kobe sehr schön, mit der Seilbahn auf den Rokko am frühen Abend und in der Dämmerung runterlaufen kann ich Dir empfehlen.
Hiroshima ist wegen dem Friedenspark und dem Atombombenmuseum sehenswert, die Anlage in Nagasaki soll aber schöner sein. Von Hiroshima kann man einen Tagesausflug mit der Strassenbahn und Fähre auf die Insel Miyajima machen, dort gibt es unzählige zahme Rehe, das berühmte schwimmende Torii, Schreine, gute Restaurants (bezahlbar) und sonst viele kleine Dinge zum Entdecken.
Ich fand Tokyo jetzt eher langweilig, kann aber auch daran liegen dass ich ganz am Schluss dort war und vieles halt schon in den 2 Wochen davor gesehen hatte.
Kyoto ist sicher sehenswert, das Touriviertel Gijon würde ich aber meiden, ist wohl die teuerste Ecke Japans.
Ausserdem würde ich mit Bus herumreisen, die sind im Gegensatz zu den Zügen (auch mit Rail Pass) spottbillig, allerdings auch etwas langsamer, was wenn man in Etappen reist nicht so eine grosse Rolle spielt.
Ich war vor 2 Wochen in Japan, kannst Dir gerne mal meine Berichte anschauen:
http://stecki.followmysteps.de/