Hallo Melanie!
Ich bin quasi selbst gerade erst wieder aus Ecuador zurückgekommen, und kann nur gutes davon berichten. Due Busverbindungen sind wirklich gut und zuverlässig. Hatte zwar auch im Vorfeld einiges gehört von Überfällen und Blockaden, doch (zum Glück) habe ich nichts davon gesehen und auch von niemanden sonst etwas negatives gehört (außer vielleicht einem Taschendiebstahl während einer Nachtfahrt, aber das ist wohl ein generelles Problem in Südamerika).
Ich würde dir auf jeden Fall empfehlen, tagsüber zu reisen. Bin selbst nur ein einziges Mal in der Nacht gereist (von Piura, Peru nach Loja, Ecuador), sonst sind die Strecken wirklich relativ kurz und lassen sich an einem Tag zurücklegen.
Eine Empfehlung für ein bestimmtes Busunternehmen kann ich dir nicht geben, da das von den Strecken abhängt. Ich habe einfach immer das genommen, welches die beste Abfahrtszeit und den besten Preis hatte, habe da nicht wirklich auf das Unternehmen geachtet.
PS: Gerade in Guayaquil würde ich dir empfehlen tagsüber anzukommen, und die Lage deines Hostels besser 2x zu checken, denn die Stadt gilt nicht gerade als besonders sicher außerhalb gewisser Bereiche (als Faustregel: desto näher an der Küste, umso besser)
LG