Wenn ihr euch ein paar Highlights rauspickt, könnte das zeitlich klappen. Zu Sumatra kann ich dafür nichts sagen (werde also versuchen Vombatus zu ergänzen

)
z.B. könntet ihr dann nach Sumatra gleich nach Yogyakarta fliegen (irgendeine indonesische Billig-Airline), und euch somit auch den östlichen und interessanteren Teil von Java konzentrieren. Yogya, Borobodur, Prambanan, Bromo und Ijen lassen sich gut in etwa 10 Tagen machen.
In Lombok haben wir wenn ich mich richtig erinnere auch so um die 7-10 Tage verbrachte, inkl. Rinjani Tour und mit Scooter ein bissl im Süden der Insel Beach Hopping machen. Fand die Strände aber nicht so überzeugend, wie man es irgendwie von überall hört, v.a. den Kuta Beach fand ich eher mau.
Sagen wir mal damit, plus ein bisschen Strand am Ende wären wohl knapp 3 Wochen weg. Dann hättet ihr noch 3 Wochen für Sumatra und könntet die Route vom Vombatus schneller oder in abgespeckter Variante machen.
Flores würde sich mit der Bootstour ab Lombok natürlich anbieten, denke aber nicht, dass sich das alles in 6 Wochen ausgeht. Dann lieber einen nächsten Indonesien-Urlaub planen und in 2-3 Wochen Komodo, Flores etc. machen. Ich war von Flores auch nicht sooo überzeugt. Die Bootstour dorthin war schön und Komodo NP ist toll, v.a. auch zum Tauchen. Aber Flores selbst fand ich nicht so überwältigend..
Wie gesagt von Sumatra nach Ost-Java würde ich per Flug, von Java dann per Nachtbus/Fähre nach Bali und weiter mit der Fähre nach Lombok.