Ich würde mir bzgl. die Schulferien keine ganz so großen Sorgen machen, so riesengroß ist der Unterschied nicht und du bist sowieso in eher der Hauptreisezeit in allen drei Regionen unterwegs.
Klimatisch würde mir am besten gefallen:
- von Mitte September (Ende der Schulferien in Australien) bis Mitte November Australien
- dann nach Südostasien
- Feb./März nach Neuseeland
In Südostasien ist zwar von ca. November-April Trockenzeit, aber den ersten Teil davon finde ich viel angenehmer. Ab Feb. wird es immer heißer und es ist nach meistens Monaten ohne viel Regen sehr trocken und staubig. Ausser in Nord-Vietnam und den Bergen von Nord-Laos, wo es im Dezember unangenehm frisch ist.
Der Spätsommer ist in Neuseeland schön, ich würde dann aber von Süd nach Nord reisen. Ausserdem hast du bei dieser Variante Südostasien zwischen den doch eher sehr westlichen und modernen Ländern, ist etwas abwechslungsreicher. Flüge zwischen den Regionen sind kein großes Problem, wie arivei schon ausgeführt hat, bzgl. Langstreckenflug ist es relativ egal, wohin genau du fliegst.